Mikrochirurgia endodontyczna to dział stomatologii wywodzący się z chirurgii endodontycznej (endodoncja chirurgiczna). Głównym jego celem jest diagnozowanie i leczenie zmian pochodzenia endodontycznego, które nie ulegają wyleczeniu metodami konwencjonalnymi.

Tradycyjne techniki zostały wyparte przez precyzyjną i bardziej skuteczną chirurgię okołowierzchołkową z minimalną osteotomią i małym kątem resekcji korzenia. Leczenie mikrochirurgiczne jest leczeniem z wyboru w przypadku wyczerpania wszystkich możliwości leczenia zachowawczego. Podstawowym celem jest trójwymiarowe oczyszczenie, kształtowanie i szczelne wypełnienie przywierzchołkowej części systemu korzeniowego oraz opracowanie otaczających tkanek twardych z dojścia przez płat chirurgiczny.

Wskazania do zabiegów mikrochirurgii endodontycznej obejmują:

• zęby objawowe – będące następstwem niepowodzenia wcześniejszego leczenia kanałowego – (powodowane nieodpowiednią preparacją chemo – mechaniczną i pozostawieniem infekcji w systemie kanałowym lub wtórną infekcją na skutek nieszczelnego wypełnienia głównie okolicy przyszczytowej),
• odrębności budowy anatomicznej – kanały zakrzywione, S i C – kształtne, zwyrodnienia wapniowe, zębiniaki i inne elementy anatomiczne utrudniające prawidłowe opracowanie chemo-mechaniczne i uszczelnienie systemu kanałowego,
• błędy proceduralne np. utratę długości roboczej, perforacje, złamania instrumentów endodontycznych, przepełnienie lub niedopełnienie kanałów),
• operacje diagnostyczne np. biopsję zwiadowczą,
• poprzeczne złamanie korzenia w okolicy wierzchołkowej.